从泉州港出海后，一直往东走，就是澎湖列岛。这个时期，台湾岛被叫做东番，与澎湖列岛都属于福建泉州管辖。
但岛上没有大明官府和官兵驻扎，通常都是永宁卫派水师将士驾船过去巡视一番。因此偶尔会有西班牙商船在澎湖岛靠岸，与大明商船进行贸易。
不过近些年永宁卫有了盖伦船，又补充了战列舰，火力大增，对外邦船的威慑也增强了，已经没什么外邦船敢在澎湖岛靠岸了。大明商人想和西班牙人做生意，就要去吕宋岛交易。
闵悉规划的路线，走的是他从前走的从中国到澳洲的内航线：从泉州出发，经台湾岛南部，到吕宋岛，过民都洛海峡，到苏禄海、苏拉威西海、望加锡海峡再到爪哇岛，过龙目海峡，再沿着一系列岛屿往东，到帝汶岛后往南走，就能抵达澳洲西海岸了。
这不是最近的一条路线，但是最稳妥的一条，因为这是闵悉熟悉的航路。而且一路上有很多的岛屿，至少到爪哇岛这一段，在这个时期，已经有了中国人活动的痕迹，上岸补给也会比较方便。
走这条路线的话，老修斯给的航海图用途也很大，当年麦哲伦船队虽然完美绕过了大洋洲，但他们抵达吕宋岛后，也差不多是穿过苏禄海、苏拉威西海、望加锡海峡与爪哇海折返回欧洲的。
闵悉的航海线路正是结合自己的经验和老修斯的航海图一起规划的。
船绕过台湾岛南部，并没有靠岸补给，而是直接南下，准备去吕宋补给。此时已是初夏，海上的风向已经转成了东南风，对他们这种南下的船只来说不太有利，尤其是船队中还有十几艘未经改造的福船，速度就快不起来。
为了照顾这些福船，盖伦船和战列舰也都放慢了速度，将这些福船围在中间。
闵悉和云霁虽然没有去过吕宋岛，但同行的商船基本都跟西班牙人打过交道，很多人都来过吕宋做生意，知道在哪儿补给最合适。
他们选择的第一个补给点是吕宋最大的港口城市马尼拉，这是后来菲律宾的首都，此时也是西班牙殖民当局的首府所在。